本发明提供了一种快速制备高纯度达托霉素的方法，该方法是将达托霉素溶液先通过一次粗颗粒聚酰胺填料进行层析，去除干扰层的大量杂质，再使用制备级球形聚酰胺颗粒进行分离，获得高纯度达托霉素。本发明方法操作简单，获得的达托霉素纯度高，分离速度快，生产周期大大缩短，减少了废水量，相对于现有技术使用低浓度有机溶剂作为解吸剂，对操作人员更安全，环境更友好，同时避免了回收低浓度有机溶剂所带来的高能源的消耗，降低生产成本，制得推广使用。