本实用新型提供一种多级发酵装置的移种系统，包括：种子罐和多级发酵罐，种子罐和发酵罐之间通过移种管线连通；移种控制装置、设置在移种管线上的智能控制阀，外部输入设备、用于实现对移种管线进行灭菌操作的灭菌控制系统；设置在种子罐上的用于监控种子罐内部信息的监控系统；设置在每一级发酵罐上的用于监控发酵罐内部信息的监控系统；所述移种控制装置以有线或无线方式连接所述智能控制阀、外部输入设备、灭菌控制系统和种子罐上的监控系统、每一级发酵罐上的监控系统。上述结构简单成本低，可以为作为后续自动控制的基础。