本发明提供一种分子结构模型构建方法及装置，涉及分子模拟应用技术领域，该方法通过获取同类分子点群的对称元素和对称操作，可以获取到分子点群的旋转结构图和转换矩阵，进而根据获取的转换矩阵对该旋转结构图在3D模型中进行相应的转换，即可构建出该分子点群对应的3D模型，使得采用本申请构建出的3D模型进行分子结构的学习时，学习更为灵活，能够加深用户的体验，可以更好的学习分子点群的空间结构及其规律，大大提升了对分子结构的学习效果。