本发明公开了一种鉴定苦玄参优良种质的SSR引物组合物及其优良种质鉴定方法，用于苦玄参优良种质的筛选与鉴定，属于植物新品种分子鉴定领域。本发明设计了9对核心SSR引物，并利用它们成功构建了苦玄参优良种质的特征SSR分子标记鉴定方法，可快速、准确地鉴定苦玄参优良种质。本发明基于9对SSR引物，进行PCR扩增反应，采用毛细管电泳荧光检测法，可直接根据扩增产物片段的有无和大小进行苦玄参优良种质的判断。本发明可直接应用于苦玄参优良种质的分子鉴定，具有很好的实用性。