本发明公开了一种鉴定苦玄参品种的SSR引物组合物及其品种鉴定方法，用于苦玄参品种的鉴定，属于植物新品种分子鉴定领域。本发明设计了2对核心SSR引物，并利用它们成功构建了苦玄参品种的特征SSR分子标记指纹图谱，可快速、准确地鉴定苦玄参品种。本发明基于2对SSR引物，进行PCR扩增反应，采用毛细管电泳荧光检测法，可直接根据扩增产物片段的长度进行苦玄参品种属性的判断。本发明可直接应用于苦玄参品种的分子鉴定，具有很好的实用性。