本发明公开了一种埃博霉素生物合成基因转录调控蛋白及其制备方法。本发明首次采用生物素标记埃博霉素生物合成基因启动子P3钓取的方法获得So ce M4埃博霉素生物合成基因簇的转录调控蛋白，并采用EMSA实验验该转录调控蛋白的功能。所得新型埃博霉素生物合成基因簇转录调控蛋白可为纤维堆囊菌埃博霉素生物合成转录调控及埃博霉素生物合成基因簇的异源表达奠定分子生物学基础，从而促进埃博霉素的高效生物合成及埃博霉素在生物医药方面的广泛应用。