一种利用复合菌种发酵制备淡豆豉的方法和应用，它属于中药炮制技术领域，本发明的目的是为了解决目前传统淡豆豉炮制方法，可能会带入有毒、有害微生物，使淡豆豉存在致病菌污染风险影响其使用的安全性和有效性；而且淡豆豉色泽不佳的问题。以及目前没有一种采用淡豆豉制备治疗口腔溃疡药物的问题。本发明的淡豆豉用于制备治疗口腔溃疡的药物，制备方法为：将大豆发芽处理后与青蒿和桑叶煎煮液混合，加入青矾后蒸煮，再接种枯草芽孢杆菌、伞枝梨头霉菌和保加利亚乳杆菌的混合液发酵，干燥后，得淡豆豉。本发明应用于淡豆豉炮制及应用领域。