一种基于大数据的医疗诊断系统，包括诊疗方案数据库，诊疗方案数据库与患者检查结果的信息结合传递到处方生成模块，处方生成模块将信息传递给患者用药模块，患者用药模块将信息传递给信息反馈模块；信息反馈模块将信息传递到诊疗方案数据库；患者检查结果还可以传递给患者信息库，诊疗方案数据库与患者信息库将信息都传递给医院信息系统；利用大数据技术建立诊疗方案数据库，通过处方生成模块可以综合患者所有检查结果数据自动给出药方或治疗方案，可避免药物间的药效冲突或用药禁忌，且包含患者的疗效反馈信息，可增加医患间的交流，给予医生更多的治疗参考信息，方便患者就医，减少医疗事故的发生。