本发明涉及苜蓿有效成分提取领域，特别涉及一种苜蓿多目标联产提取分离方法，包括以下步骤：取苜蓿鲜草，预处理后经碾切、打浆后，得到浆液，在浆液中加入纤维素酶进行酶解；分离，得到草渣和上清液，草渣回收作为饲料，上清液进行多级串联酶解；脱色，脱色得到的叶绿素回收利用，脱色的液体进行分离，得到上清液和固体物质，其中的上清液回收，得到以叶黄素为主的产品，固体物质即为多肽。本发明提供的苜蓿多目标联产提取分离方法，利用生物酶法提取植物蛋白，得到的多肽活性高，并且将苜蓿的有效成分全部利用，不仅减少了环境污染，还增加附带产值，具有重大意义。