本发明涉及一种地衣芽孢杆菌及其在非水相中制备木犀草素C环琥珀酰糖苷衍生物(木犀草素‑3’‑O‑琥珀酰葡糖苷与木犀草素‑4’‑O‑琥珀酰葡糖苷)的方法，属于生物催化技术领域。该菌株为地衣芽孢杆菌(Bacillus lincheniformis)，命名为地衣芽孢杆菌WNJ02，保藏单位：中国典型培养物保藏中心，保藏号为CCTCC NO：M 2018394。本发明还提供了该菌株在非水相中制备木犀草素C环琥珀酰糖苷衍生物的方法。本发明中的菌株能够高效催化木犀草素制备木犀草素‑3’‑O‑琥珀酰葡糖苷与木犀草素‑4’‑O‑琥珀酰葡糖苷，解决了木犀草素糖苷类化合物稀缺的问题。