本实用新型涉及一种医药中间体生产用水制冷系统，涉及医药生产工艺领域。医药中间体生产用水制冷系统包括水塔、水冷式冷水机、换热器以及冷水供应系统，水塔与水冷式冷水机通过第一管道连通，水冷式冷水机与冷水供应系统连通，换热器的进水端通过第二管道与第一管道连通，换热器的出水端与第一管道连通，单向阀的进口位于其靠近换热器的一端，第一管道设有第一温度测量装置，第一温度测量装置位于水塔与第一三通阀之间，第一管道设有第一水泵，第一水泵位于水塔与第一温度测量装置之间。其能够有效降低水温，同时使得制冷机可不完全开启，就可以达到较佳的制冷效果。