本发明公开了基于数据库的三维结构检索方法，包括如下步骤：获取库分子的三维形状特征信息，根据三维形状特征信息建立基于C语言的库分子高斯表达；根据数据库的预设扩展格式将C语言的高斯表达处理为相应的多种检索扩展表达，形成检索扩展表达集；读入待检索分子的三维形状特征信息，生成相应的待检索分子高斯表达；将待检索分子高斯表达与检索扩展表达集进行匹配，以选取数据库中与待检索分子的高斯表达匹配度最高的库分子。本发明通过构建分子三维结构的高斯表达以及检索扩展表达集，对待检索分子进行子结构和边链进行匹配比较，从而可以筛选出相似度最高的三维结构。