本发明涉及生物信息领域，特别是涉及一种蛋白质功能注释方法及系统。本发明的蛋白质功能注释方法包括下列步骤：蛋白质注释：结合序列比对与ID匹配，完成GO功能注释及KEGG通路注释；蛋白质表达差异注释；富集以及注释结果整理与输出。本发明的蛋白质功能注释方法，特别适用于对蛋白质谱搜库结果进行蛋白质功能注释。