本发明属于生物医药领域，具体涉及一种治疗性HPV核酸疫苗及其制备方法。本发明的HPV E6/E7微环DNA中包含HPV16和HPV18亚型的E6和E7蛋白的核苷酸序列，并通过对E6和E7序列的剪切和重排消除其致癌能力；通过在E6和E7重排序列上游增加Flt3L序列区，增强了HPV E6/E7的免疫原性。同时，本发明采用的微环DNA具有以下优点：1)不整合入宿主细胞基因组，不会诱发新的突变，较病毒载体更为安全；2)可在工程细菌内大量扩增，制备工艺简单，产业化生产成本低；3)表达外源基因较传统质粒稳定，高效。本发明的HPV E6/E7微环DNA用于制备疫苗对于HPV感染的治疗有重要意义。