本发明提供一种妥布霉素的提取方法，包括：(1)将5′氨基甲酰妥布霉素发酵滤液调pH至7.0～7.5，加入阳离子树脂吸附，用水、氨水洗脱，收集氨水洗脱液；(2)浓缩洗脱液；(3)所得浓缩液在碱性条件下进行水解，调水解液pH至5.0～6.0，用阳离子树脂进行脱色，收集脱色液，调pH至7.0～7.5，通过装有阳离子树脂的中压层析自备柱，用水、氨水洗脱，收集氨水洗脱液，然后通过强碱性阴离子树脂进行脱色，收集脱色液；(4)所得脱色液浓缩后用活性炭脱色，然后喷雾干燥，即得妥布霉素成品。该方法简化了生产工艺、使用超纳滤结合中压层析自备柱技术，缩短生产周期，无溶媒结晶，无残留溶剂，减少了环保排放及处理压力。