本发明公开了一种两步法合成多取代嘧啶衍生物的方法，包括如下步骤：(1)将如式VI所示的N‑Boc‑beta‑苯丙氨酸衍生为酰基叠氮，再经Curtius重排得到如式V所示的(R)‑(2‑异氰酸基‑1‑苯基乙基)氨基甲酸叔丁酯；(2)将如式V所示的(R)‑(2‑异氰酸基‑1‑苯基乙基)氨基甲酸叔丁酯与如式II所示的(Z)‑3‑氨基‑2‑(2‑氟‑3‑甲氧基苯基)‑2‑丁烯酸乙酯经环合反应得到如式I所示的多取代嘧啶衍生物；本发明的优点在于，起始化合物简单易得，合成路线简单、操作方便，并且反应的收率较高；该方法降低了目标化合物的生产成本，适宜于工业化大规模生产。