本发明属于生产金丝桃素的技术领域，特别涉及一种制备高纯度金丝桃素的方法。本发明方法是以市售贯叶连翘提取物为原料，经溶解、离心、吸附树脂层析、制备色谱纯化、反渗透浓缩、冷冻干燥等步骤生产得到高纯度金丝桃素。本发明所提供的方法具有生产工艺简单、生产成本低、操作安全、能耗低、效率高等特点。本发明方法将树脂吸附层析与制备色谱技术耦合使用，大大提高了金丝桃素的纯度，并且采用反渗透浓缩技术代替传统热浓缩技术，不仅能耗低、效率高，而且降低了金丝桃素在浓缩过程中的氧化变质，提高产品质量。本发明方法制备的产品，可广泛应用于医药、食品、日化等行业。