本发明适用于医药生物领域，提供了一种疫苗佐剂及其应用及猪繁殖与呼吸综合征疫苗，该疫苗佐剂为将抗菌肽、氢氧化铝胶、甲硫氨酸、甘氨胆碱钠和稳定剂加入去离子水中得到的水溶性悬液；所述水溶性悬液中的抗菌肽的浓度为0.5~2.5mg/mL，甲硫氨酸的浓度为0.5~5mg/mL，甘氨胆碱钠的浓度为0.5~5mg/mL，稳定剂的浓度为0.5~1.5g/mL；所述氢氧化铝胶占所述水溶性悬液的质量份数为10%~20%。本发明的疫苗佐剂可以诱导巨噬细胞中M1和M2分化比例，可以杀灭不同类型的PRRSV毒株，同时可以保护内脏器官免受损伤。联合猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)灭活抗原可以提高机体的细胞免疫，诱导干扰素，减少PRRSV产生的免疫抑制，从而，较快的产生高含量的中和抗体，维持时间长，并能减少不同毒株的病毒血症。