本发明涉及一种来源酿酒酵母菌的几丁质脱乙酰基酶的克隆表达及其应用。酿酒酵母菌几丁质脱乙酰酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示；酿酒酵母菌几丁质脱乙酰酶的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示所示。本发明还提供了一种制备该几丁质脱乙酰酶的方法，即利用基因工程的技术方法，将该几丁质脱乙酰酶的基因克隆到毕赤酵母表达载体pPICZα上，获得可异源表达该酶的毕赤酵母重组菌株，用该菌株异源表达制备的几丁质脱乙酰酶ScCDA2，PH适应范围广，具有专一脱乙酰模式的特点。能作用于虾蟹壳等不同来源的几丁质和几丁寡糖。本发明提供的几丁质脱乙酰酶可广泛应用于食品科学、生物医药、化工材料等方面。