本发明提供了一种用于医药物流复核配送的智能分流控制系统和方法，通过进入复核区的周转箱可根据复核作业人员的作业效率，实时地动态分配周转箱与滑道的对应关系，优化复核作业过程，提高系统灵活性，很好的解决了滑道拥堵造成输送线停机等待的问题，大幅度提升复核作业效率，大大减少人力资源的浪费，提高复核作业人员的利用率，降低医药物流配送的成本，从而解决医药物流配送经营成本高的问题。