本发明公开了一种过氧化氢真空低温灭菌系统及方法，本发明的过氧化氢真空低温灭菌方法可以用于对温度要求敏感的生物制品灭菌，采用真空的方式保证在低温下H2O2不会产生冷凝；采用磁力驱动风机真空下扰流让电机和风机完全隔离，避免风机高速旋转产生轴头泄露；采用恒温盘管控制灭菌柜内的环境温度，保证生物产品在灭菌过程中不会因为温度过高而失去活性，同时避免灭菌过程中温度过低产生冷凝(露点传感器监测灭菌柜内的湿度)；采用近红外光谱仪在真空下测量H2O2的浓度，解决了真空下浓度测量问题(常规的气体检测仪器只能在常压下采样检测)；多次脉动灭菌的工艺控制，多次脉动提升容器内的H2O2气体浓度，使得H2O2气体在反复的压力变化过程中更充分的进入泡罩盒内进行灭菌。