本发明提供了一种纳豆激酶和纳豆抗菌肽混合制剂的制备方法，属于生物医药技术领域，所述方法包括以下步骤：1)将纳豆和水混合，进行研磨，过滤，得到研磨滤液；2)在研磨滤液中加入固体硫酸铵，静置，取第一上清液，灭菌，得到纳豆抗菌肽溶液；3)将纳豆和磷酸盐缓冲液混合，进行研磨，得到的研磨物和磷酸盐缓冲液混合，浸提，离心，取第二上清液；4)在第二上清液中加入硫酸铵水溶液进行混合，静置，离心，取沉淀物，得到纳豆激酶；5)将纳豆抗菌肽溶液与纳豆激酶进行混合，过滤除菌，调节pH值至7.0，得到纳豆激酶和纳豆抗菌肽的混合制剂。本发明制备获得的混合制剂具有抑制细菌、提高机体免疫力以及提高兽用疫苗的免疫效果的作用。