本发明属于水体细菌计数技术领域，公开了一种检测水体细菌数量的荧光显微计数方法，所述检测水体细菌数量的荧光显微计数系统包括：光源模块、图像采集模块、中央控制模块、对焦模块、滤色模块、放大模块、图像处理模块、标记模块、显示模块。本发明通过对焦模块采用图像匹配相关函数进行调焦，克服了传统清晰度函数无法直接用于荧光图像的问题，有效提高了对焦速度和稳定性；同时，通过图像处理模块利用荧光显微镜的低分辨记录相机记录真实图像X的低分辨图像Y, 并对之做插值处理，然后通过Φh重构真实图像；大大提高图像分辨率，使图像更加清晰，便于对细菌计算数量。