本发明属仿生学、人体生理学、微生物学、营养学及分析测试技术领域，提供一种体外条件重现胃肠道微生物组的系统及其实验方法。由取样装置、模拟装置、注射装置、培养装置，其中：取样装置为针管式采样器；模拟装置包括底部设置有超滤膜且置于离心管内的厌氧管，厌氧管顶部设置丁基胶塞，丁基胶塞上设置氮气导管和空气导管，氮气导管伸入至厌氧管顶部；空气导管伸入至厌氧管底部；注射装置为连续注射器；培养装置为恒温摇床。模拟系统微型，达到高通量的技术要求。胃肠模拟在同一个管中进行，设有超滤膜，定时对模拟管离心，模拟小肠的吸收，能达到模拟胃肠道环境的效果。