本实用新型公开了一种基于磁珠的检测分型试剂盒，包括微孔板、微孔板盖、主电磁吸盘、磁珠试剂瓶和荧光标记试剂瓶；微孔板盖上设置有与微孔的内径匹配的环形凸起；微孔板与微孔板盖被设置为可放置入PCR仪中，起到代替PCR管和PCR架的作用；磁珠试剂瓶中设置有m种连接有磁珠连接正向引物的羧基磁珠，m>1；荧光标记试剂瓶中设置有m种5’端带有不同的荧光标记的反向引物；m种连接有磁珠连接正向引物的羧基磁珠和m种5’端带荧光标记的反向引物一一对应地组成引物对用于PCR或RT‑PCR扩增。本实用新型将磁珠、荧光标记和PCR/RT‑PCR相结合，实现了高通量、快速、灵敏地对病毒亚型进行分型检测。