本发明公开了一种水凝胶包覆树枝状二氧化硅固定化CPO酶反应器及其制备方法和应用，首先合成具有开放性中心辐射状的树枝状二氧化硅球形纳米粒子，以此为固相载体将CPO包埋于载体的孔道中，最后在载体外部包覆一层水凝胶薄膜，在不影响固定化酶催化活性的前提下，改善酶在物理吸附固定方式中容易泄露的问题。本发明固定方法简单，降低了酶的成本，具有客观经济效益，与共价固定相比，酶的活性损失较少，固定化酶的催化活性为游离酶的91.45％，重复使用10次后能保持90％催化活性，重复使用20次后仍能保持50％的活性；用此酶反应器降解左氧氟沙星，当左氧氟沙星含量达到100μg/mL时，降解率达到83.05％；用此酶反应器降解利福昔明，当利福昔明含量达到50μg/mL时，降解率达到85.70％。