本发明提供了基于多种肠道细菌含量评估便秘风险及便秘程度的方法及装置。具体地，本发明提供了一种生物标志物集合，所述的集合包括选自下组两种或多种的生物标志物：拟杆菌属、普拉梭菌、阿克曼氏菌、肠杆菌属、哈撒魏氏梭菌、或其组合。本发明以肠道中便秘相关的细菌为靶点，采用荧光PCR技术快速高效检测细菌相对含量，在便秘临床诊断中具备客观、及时、快速准确等优势，可辅助临床医生有针对性的选择制定最佳治疗方案，大幅度缩短患者治疗周期，早日恢复肠道健康。