本发明涉及一种无毒性的产气荚膜梭菌重组ε毒素和α毒素融合蛋白疫苗及其生产方法。该疫苗含有的无毒性产气荚膜梭菌ETX突变体和CPA的C末端融合蛋白rETXm3CPAC是通过将无毒性的ETX突变体ETXm3和CPA的C末端(CPAC)进行串联，并在大肠杆菌BL21(DE3)中实现可溶性表达，既可最大限度地保留天然毒素蛋白的空间构象，从而保持其免疫原性；又避免了包涵体变性复性的繁琐工艺对抗原蛋白免疫原性的影响，减少了疫苗的制备时间和生产成本。在rETXm3CPAC的C端含有6个组氨酸(6*His)标签，便于蛋白的纯化；获得的毒素融合蛋白在小鼠体内完全无毒，且在家兔模型中呈现良好的安全性、免疫原性和免疫保护性。疫苗还具有制备工艺简单，疫苗效力优良、同时预防A和D型产气荚膜梭菌病。