本发明公开了一种高生物活性全蛋体发酵物的生产方法，包括：步骤一、将禽蛋清洗杀菌晾干，加入食用有机酸，淹没浸泡；步骤二、搅拌蛋体释放蛋膜及蛋液，多步酶水解，得水解全蛋液；步骤三、将水解全蛋液与益生元混合搅匀后均质，杀菌，冷却，接种酵母、乳酸菌发酵得全蛋体发酵液；步骤四、将全蛋体发酵液与环糊精混匀后均质，包埋，低温冷却静置，离心脱除胆固醇，分离液冷冻干燥，得富含多肽的高钙低胆固醇全蛋体发酵物。本发明还公开了高生物活性全蛋体发酵物及其应用。本发明全蛋体发酵物具有更强的生物活性，能够对人体基础性代谢及免疫系统产生积极的影响，可广泛应用于营养功能性食品、特膳特医食品、保健食品和食品领域的非医药用途方面。