本发明公开了一种云芝减肥降脂功能性饮料及其制备方法，包括：云芝菌种和固体基质；其中，固体基质包括：玉米芯、荷叶、石崖茶、尾叶那藤、绞股蓝、匙羹藤、桑叶粉、桑寄生、榼藤子，步骤简化为搅拌、接种、多次发酵、灌装消毒；本发明一方面通过双向发酵提高了减肥药中有效成分的利用率，另一方面通过云芝发酵中产生的酶系改良中药的药性，获得兼具药性基质和云芝改善肠道内菌群抗动脉粥样硬化功效的药性菌质，使得减肥降脂效果更佳，且适口度高。