本发明公开了一种快速鉴别覆盆子及其多种混淆品的方法，包括提取覆盆子及其多种混淆品DNA、选取PCR扩增引物核苷酸序列、PCR扩增、PCR扩增产物质量检查，用限制性内切酶DpnII或MboI进行酶切反应后进行琼脂糖凝胶电泳分析，即可快速鉴别判断药材覆盆子的真伪及是否掺入了混淆品。其优点为准确性高，稳定性好，通用性高，成本低，步骤简单快速，受药材DNA模板质量及反应条件等影响小。