本发明公开了一种巴伦葛兹类芽孢杆菌壳聚糖酶的制备方法与应用。本发明提供了蛋白质，为以下1)、2)或3)所述的蛋白质：1)氨基酸序列是序列表中序列1所示的蛋白质；2)在序列表中序列1所示的蛋白质的N端或/和C端连接标签得到的融合蛋白质；3)将1)或2)所示的蛋白质经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的且具有相同功能的蛋白质。本发明的壳聚糖酶在枯草芽孢杆菌中成功表达，重组菌经高密度发酵胞外酶活力为1103.4U/mL，蛋白含量为4.7mg/mL。本发明所述壳聚糖酶产酶水平高，安全性好，且制备的壳聚糖酶酶学性质优良、水解效率高，因而在食品、医药、饲料等行业具有重要的应用价值。