一种抗菌纳滤膜的制备方法及其应用，涉及分离膜。制备具有抗菌性能的环糊精聚合物和环糊精包合物；配制铸膜液：将环糊精聚合物或环糊精包合物，与醋酸纤维素溶于第四溶剂中，搅拌，静置脱泡，得铸膜液；刮膜：将玻璃板置于刮膜机上，将得到的铸膜液流延于玻璃板的一端，启动刮膜机刮膜；相转化法成膜：将得到的附有液态膜的玻璃板放入凝固浴中，经溶剂‑非溶剂交换后液态膜转变成固态膜，再热处理后存放于去离子水中，得抗菌纳滤膜。所制备的CA纳滤膜亲水性好、水通量高、抗菌性能强，为制备抗菌纳滤膜开辟了一条新途径，制备的抗菌纳滤膜可在海水淡化、污水处理、食品以及医药等领域中应用。