本发明属于医药化工技术领域，公开了一种大环内酯类抗菌化合物及其制备方法与应用。所述大环内酯类抗菌化合物的结构如式I所示，其中，n等于1或2；X为碳或者氮原子；R选自H、C1～6的烷基、硝基、C1～6的烷氧基、卤素取代基和C1～6的卤代烷基中的任意一种。其合成路线是将氟红霉素先在盐酸缓冲液中反应，反应产物再依次与苯甲酸酐、三光气和R取代芳基酸或杂环芳基酸反应，最后在醇溶剂中回流反应，得到大环内酯类抗菌化合物。本发明的制备方法合成路线简单，合成产率高；所得产物抗菌性能好，对大环内酯耐药菌的抑制活性高，具有良好的应用前景。