本公开涉及靶向代谢组学定量自动分析方法和装置、电子设备，该方法包括：自动化的获取至少一个待测样本的样本数据，所述样本数据包括待测样本所对应的用户标识、待测标志物标识和第一信息，所述第一信息用于确定所述待测标志物的峰面积值；自动化的获取所述待测样本中的待测标志物对应的标准曲线，所述标准曲线包括对应待测样本中的标志物浓度和标志物峰面积值的对应关系；基于所述标准曲线和第一信息，确定各所述待测样本中待测标志物的浓度。本公开各实施例能够自动、快速批量的进行靶向代谢组学定量分析。