本发明公开了一种高纯度肝素钠的制备工艺，具体包括以下步骤：S1、酶解盐解除蛋白：将10‑12倍肝素钠粗品重量的纯化水升温至50.0‑60.0℃，S2、一次氧化，S3、沉淀，S4、二次氧化，S5、再次沉淀，S6、冷冻干燥，本发明涉及医药技术领域。该高纯度肝素钠的制备工艺，可实现通过采取酶解盐解一体式解离方式，在高温解离过程中，保护肝素不受破坏，运用不同浓度乙醇除去不同杂质，在氧化过程中，加入无水碳酸钠和无水硫酸钠，以特定比例配制，解决了现有肝素钠精制时因对肝素钠结构产生破坏而难以得到高纯度的肝素钠的问题，同时运用HPLC方法，对各步骤中去除的杂质进行检测，操作简单，产品收率高，更有效的控制成品质量。