本发明涉及一种高效选择性制备脂肪二酸单叔丁酯的方法其中，所述方法包括：步骤1，在酸性催化剂作用下，使脂肪二酸与醇进行酯化反应，得到脂肪二酯；步骤2，在碱性条件下，使步骤1中得到的脂肪二酯进行选择性水解，得到脂肪二酸单酯；步骤3，使步骤2中得到的脂肪二酸单酯发生叔丁酯化，得到脂肪二酸不对称二酯；步骤4，在碱性条件下，使步骤3中得到的脂肪二酸不对称二酯进行选择性水解，得到脂肪二酸单叔丁酯；其中，n为9～30的整数；R表示C1～C8直链烷基。本发明的方法操作简便，产品纯度高，收率高，适用于工业化生产。