本发明公开了一种基于TCGA数据库的肿瘤转移复发预测方法及系统，方法包括：从TCGA数据库获取肿瘤患者的肿瘤组织转录组测序数据；根据获取的肿瘤组织转录组测序数据进行基因差异表达分析；根据基因差异表达分析的结果采用机器学习的方法进行肿瘤转移复发预测模型构建，得到肿瘤转移复发预测模型；根据肿瘤转移复发预测模型对待预测的对象进行肿瘤转移复发预测。本发明利用机器学习的方法配合TCGA数据库实现了肿瘤转移复发预测的全自动化管理，能直接为肿瘤患者提供明确的诊断预后参考和指导，更加及时、准确和高效。本发明可广泛应用于医学计算机应用领域。