本发明提供了一种用于评估II型糖尿病风险的微生物标志物及其应用，所述微生物标志物包括双歧杆菌属(Bifidobacterium)、普雷沃菌属(Prevotella)、梭菌属(Clostridium)、罗氏菌属(Roseburia)、肠球菌属(Enterococcus)或韦荣球菌属(Veillonella)中任意两种以上的组合。本发明的微生物标志物预测II型糖尿病风险的灵敏性好，只需要获取微生物标志物的相对含量，通过模型计算给出风险预警，可作为协助诊断，指导肠道微生物环境的调整，降低患糖尿病的风险。