本发明提供了一种模块化制备化学小分子探针的方法及应用，为药物寻找准确靶点，为创新药物的定位和优化奠定基础，化学小分子探针一般包括四个功能部位：结合基团、光亲和标记基团、连接部位和报告基团，结合基团为根据具体药物来确定的，光亲和标记基团、连接部位和报告基团均为模块化制备。本发明所述的一种模块化制备化学小分子探针的方法及应用，可以迅速、低成本、高通量的制备化学小分子探针，这将极大扩充化学小分子探针在药物发现领域的应用范围。