本发明提供了一种硫氰酸红霉素的精制方法，它包括如下步骤：a、取硫氰酸红霉素粗品，加入溶剂与混合碱溶液溶解，除去不溶物，得上清液；所述混合碱溶液为包含氢氧化钠与碳酸钠的水溶液，混合碱溶液中氢氧化钠与碳酸钠的摩尔比为9 : 1～1 : 9；所述溶剂为醇类溶剂或丙酮；b、向步骤a的上清液中加入硫氰酸钠，调节pH值为6.0～9.0，结晶，过滤，干燥，得硫氰酸红霉素成品。本发明方法精制得到的硫氰酸红霉素成品透光率高、收率高，产品质量好，具有良好的工业应用前景。