本发明涉及一种刻蚀方向可控的硅纳米孔结构及其制备方法。所述制备方法包括如下步骤：S1：将AAO薄膜转移到硅基板的上表面；S2：在AAO薄膜上沉积一层金属；S3：去掉AAO薄膜，在硅基板表面得到分布均匀的金属颗粒阵列；S4：将硅基板固定在可旋转的夹具上，调节夹具的样品台的方位，利用刻蚀液体进行刻蚀，即得所述刻蚀方向可控的硅纳米孔结构。本发明通过调节夹具中样品台的方位，改变金属纳米颗粒和纳米孔的接触位置，控制金属纳米颗粒刻蚀得到方向多变的硅纳米孔结构，打破传统化学刻蚀硅纳米孔只能单方向刻蚀的刻蚀行为，极大程度上满足个性化需求，工艺简单，制造成本低，在微纳生物、医药、光学、传感等领域有广泛应用前景。