一种基于NMR代谢组学对玛咖不同品种的鉴别方法，属于中药材鉴定技术领域，包括对不同品种的玛咖样品进行粉碎处理、提取处理、核磁测定前处理、1H‑NMR测定以及数据整理，对整理好的数据进行多元统计分析，得出不同品种玛咖差异性代谢产物，将得分投影图与载荷图结合，得到不同品种玛咖差异性代谢产物组成及其相对含量，并对玛咖样品进行综合性分析，得出结论。本发明直接、系统、精准，从整体化学组成差异上找出了各部位相应的差异性成分，以期从整体物质组成角度阐明符合中医药学整体观的玛咖品种鉴别的科学内涵，为市售各个品种玛咖的真伪优劣提供依据。