本发明公开了一种阿魏酸酯酶EpFAE1及其编码基因和应用。所述的阿魏酸酯酶EpFAE1的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示，其编码基因的DNA序列如SEQ ID NO.2所示。本发明从微细正青霉4‑14中克隆得到阿魏酸酯酶EpFAE1的编码基因，并通过毕赤酵母对其重组载体进行表达，获得纯酶。通过试验证实，本发明的阿魏酸酯酶EpFAE1具有高比活性、高的酶解效率、高稳定性和一定的耐金属离子和耐盐性等优势，在医药保健、食品、饲料以及生物能源等领域具有重要应用前景。