本发明提供一种全封闭细胞培养系统，至少包括以下部分：培养箱，培养罐，气流组件，液流组件，调温组件和中央控制器。本发明所述的系统实现恒温培养环境，采用灌流的方式进行细胞培养，实现从细胞激活、感染、扩增到成品回收的全封闭一体化过程。通过在罐体中轴向搅动细胞与培养液，尽量减小径向的剪切力，可有效保护细胞，提高细胞产率。所述的系统分开进气，保证培养过程中各气体组分含量稳定，能够确保细胞培养过程中外界气体变化不会直接对细胞培养造成影响，保证气体各组分含量不变，在培养过程中做到对培养温度、液量及气体浓度的控制，保持培养环境稳定，同时减少人工操作，降低成本，降低培养过程中操作失误的风险，提高培养效率。