本发明公开了一种用于治疗代谢疾病的药物组合物及其缓释微球制剂，属于生物医药技术领域。本发明的技术方案要点为：用于治疗代谢疾病的药物组合物的活性成分为Leptin和成纤维细胞生长因子21，其中Leptin蛋白的氨基酸序列如序列表中SEQ ID NO : 2所示，成纤维细胞生长因子21蛋白的氨基酸序列如序列表中SEQ ID NO : 4所示。本发明缓释微球经体外释放试验，其缓释达1周以上，释放符合近似零级模式，可用于治疗糖尿病、肥胖症及相关内分泌疾病的皮下注射制剂。本发明的药物组合物及其缓释微球制剂给糖尿病和肥胖症患者的治疗提供了更加经济和高效的治疗方案。