本发明涉及一种小驳骨有效部位的制备方法及其应用，有效解决小驳骨抗乳腺癌作用的有效部位的制备，实现小驳骨应用在制备抗癌药物中的问题，将小驳骨药材用乙醇回流提取3次，加蒸馏水混悬，然后依次加入混悬液等体积的石油醚、乙酸乙酯分别各萃取3次，合并乙酸乙酯萃取部位，减压回收溶剂后，加蒸馏水混悬，过大孔吸附树脂AB‑8柱色谱，用乙醇洗脱，回收溶剂后得到稠膏，即为小驳骨的有效部位，本发明制备工艺简单，易操作，所制备得到的小驳骨有效部位对乳腺癌细胞具有较强的生长抑制作用，且能够显著增加乳腺癌细胞MCF‑7中caspase3 mRNA的表达水平，是小驳骨有效部位制备和应用上的创新。