本发明公开了一种灯盏花乙素的制备方法，其包括：(1)将灯盏花粗品溶解于固定相和流动相的混合物中，得进样液；(2)用固定相填充高速离心分配色谱仪的色谱柱，加入流动相，在流动相与固定相所形成的溶剂体系达到流体静力学平衡后，将进样液进样，收集成盐的灯盏花乙素；(3)将所述成盐的灯盏花乙素与盐酸混合，将固液分离，即得灯盏花乙素。本发明的制备方法提取效率高，产量大，溶剂消耗低，样品基本无损失、无污染，所提取的灯盏花乙素产物的纯度高达98％以上，并且该制备方法适用于对各种工艺条件制备的灯盏花粗品进行分离纯化。