本发明提供了一种医药流通数据验证方法，包括：在采集环节采集并形成原始数据文件；根据原始数据文件的文件名、内容、采集程序IT环境、采集时间生成验证文件；对验证文件进行独立加密，生成加密后验证文件；对原始数据文件和加密后验证文件的文件组合进行组合加密；传输加密后的文件组合至处理环节；在处理环节对文件组合进行解密，形成原始数据文件和加密后验证文件；在处理环节使用原始数据文件，生成处理后数据文件；将原始数据文件和加密后验证文件的文件组合以及处理后数据文件传输至应用环节；以及在应用环节使用原始数据文件和/或处理后数据文件，获得希望的数据处理结果。本发明能够实现在医药流通原始数据被修改的情况下的验证。