本发明公开了一种泮托拉唑钠中基因毒性杂质2‑氯甲基‑3，4‑二甲氧基吡啶盐酸盐(CMDP)的高灵敏度分析方法。采用高效液相色谱‑质谱联用的分析方法，用碳酸氢铵溶液和乙腈的混合溶液来稀释样品，并以挥发性的碳酸盐溶液和乙腈为流动相，检测限和定量限分别为0.2ppm和0.6ppm，可以更高效地分离并检测出杂质CMDP，具有专属性强、灵敏度高，简单快捷、成本低的优点。